セラたちは時空を越え、コクーンが墜ちてから10年後のヤシャス山に到着する。そこにいたのは、若くして頭角を現し、アカデミー第1研究ユニットの主任となったホープ。彼は紳士的で忍耐強く、人望も厚いという、立派な青年になっていた。

アカデミーは、神の機械“ファルシ”に頼ることなく、みずからの力で未来を築くことを目的とする組織。ショートカットの少女アリサは、ホープの補佐役をこなす研究員。明るい性格で、アイドル的な存在らしい。

エデンに代わるコクーンの新首都、アカデミア。ここは、アカデミーの主導で発展を遂げ、多くの人が暮らす、高度に制御された情報都市だ。どれほどの時をかけて造り上げられた都市なのだろうか？

セラたちは、時空の狭間に存在する時の迷宮に入り込んでしまうことがある。もとの世界に戻るには、クリスタルにまつわる多彩なパズルを解く必要があるのだ。なかには、物語の進行とは関係のない、高難度のステージも。

ザナドゥに設置されているスロットマシンはエアロバイク型。賭けを続けるなかで、リールの止まりかたに変化が起きるなど、本物のスロットマシンのような挙動が楽しめる。ちなみに、最大50000ものコインを一度に獲得できる！

チョコボレースには、自分が仲間にしたチョコボを出走させられるほか、順位を予想し、カジノコインを賭けることもできる。自分のチョコボが参加している場合は、観戦だけでなく、スタートダッシュを行うなどの介入が可能。